C'est un jōnin instructeur de Konoha qui forme notamment les prétendants au titre de hokage. Il est ainsi le professeur particulier de Konohamaru pour qu'il succède un jour à son grand-père, le 3e hokage. Au début du manga, il a beaucoup de mépris pour Naruto Uzumaki à cause son insolence et du Kyûbi qui est scellé en lui. Mais cela changera lorsqu'il verra les efforts de Naruto et l'influence positive qu'il a sur Konohamaru en lui montrant la voie de l'effort.
Depuis leur première rencontre, il est surnommé « pervers sensei » par Naruto à cause de son attitude « pas très nette ».
Durant le mois de préparation précédant la phase finale de l'examen chūnin, Kakashi Hatake confie à Ebisu l'entraînement de Naruto, afin qu'il lui apprenne à ne pas gaspiller son chakra. Naruto acceptera à contre-c½ur, car il juge Ebisu plus faible que lui. Mais c'est finalement Jiraya qui prendra le relais de cet entraînement, suite à sa rencontre fracassante avec Ebisu.